档案室是南京市伊斯兰教协会重点文化建设项目。档案室目前已全部实现电子化查阅，可在伊协内部局域网查询1948年至今有关南京伊斯兰教发展的历史沿革、人物变迁、财产状况等文书、档案、古迹遗存以及库存文物。目前，本馆入录档案已达5000余卷。本馆既可提供各类资料的“电子版”，也负责文物、资料实物的库存保护。