草桥清真寺因临内秦淮河西古草桥而得名，与净觉寺相距一华里。原寺始建于清乾隆年间（1736—1794），太平天国时期被焚，同治年初（1866）重建，建筑为中式庭院风格，占地12700平方米。寺之西南侧为我国东南沿海最大回民聚集区七家湾，故寺内活动频繁，教坊之大，阿訇之多，教长尔林之高在本市首屈一指。寺内设义学至解放前夕计七届，培育阿訇众多。民国元年旨在团结回族、维持宗教、联合生气的 “中华民国回教联合会”会址设于此。随之“中国回民青年会暨南京分会”、 “南京宰牛业、皮业、骨杂业同业公会”均在寺内办公。本寺所办汉学敦穆小学是著名的民族小学 。
　　1997年南京市政府决定复建草桥寺，因城市规划要求向南移40米重建，太平路寺大殿、二殿原物搬迁，增建三层大屋顶式综合楼，内院花木茂盛，有“花园式清真寺 美誉。
　　本寺被政府命名“市级文保单位” 、“省五星级宗教活动场所” 、“南京市标准化示范宗教活动场所” 。